Carlo Flamigni vive a Forlì e lavora a Bologna.
Ha diretto il Servizio di Fisiopatologia della Riproduzione dell’Università di Bologna e l’Istituto di Ostetricia e Ginecologia dell’Università di Bologna presso l’Ospedale S. Orsola. 
E’ stato professore di Ostetricia e Ginecologia nell’Università degli Studi di Bologna fino all’ottobre 2008.
E’ stato Presidente della S.I.F.E.S. (Società Italiana di Fertilità e Sterilità e Medicina della Riproduzione).
E’ membro del Comitato Nazionale per la Bioetica. 
E’ presidente onorario dell’AIED – Associazione Italiana per l’Educazione Demografica.
Ha pubblicato oltre 1000 memorie scientifiche originali e alcuni libri di divulgazione:
I Laboratori della Felicità (Ed. Bompiani,1994), Storie di bambini piccolissimi (Ed. Giannino Stoppani, 2001), Figli dell’Acqua Figli del Fuoco (Ed. Pendragon, 1999), Il Libro della Procreazione (Ed. Mondadori,1998), Avere un Bambino (Ed. Mondadori,2001), Curare la Sterilità (in collaborazione con P. Mutinelli, Percorsi Editoriali Carrocci Editore, 2001), Il Grande Tabù delle donne (Ed. Mondadori,2004), La legge sulla procreazione medicalmente assistita – Paradigmi a confronto – (in collaborazione con M. Mori, Ed. Gruppo Editoriale il Saggiatore S.p.A., 2005), Il controllo della fertilità – Storia, problemi e metodi dall’antico Egitto a oggi (Ed. Utet Libreria,2006), Diario di un laico – Viaggi, incontri e scontri sulla legge per la procreazione assistita Ed. Pendragon, 2007), L’aborto – storia e attualità di un problema sociale (Ed. Pendragon,2008), Il primo libro della sterilità – i problemi clinici e psicologici, la diagnosi e le cure ordinarie (Ed. Utet Libreria,2008), Il secondo libro della sterilità – la fecondazione assistita (Ed. Utet Libreria,2008), La questione dell’embrione (Ed. B.C.Dalai editore, 2010), Guida al corpo della donna- dalla A alla Z, in collaborazione con Margherita Granbassi (Giudizio Universale – Le guide, 2010), RU486- non tutte le streghe sono state bruciate, in collaborazione con Corrado Melega (L’Asino d’oro Edizioni, 2010), La pillola del giorno dopo – dal silfio al levornolgestrel, in collaborazione con Corrado Melega (L’Asino d’oro Edizioni, 2010), Figli del cielo, del ventre, del cuore – racconti (Edizioni Pendragon, 2010), Contraccezione (L’Asino d’oro Edizioni, 2011), La Procreazione Assistita (Ed. Il Mulino, 2ª edizione aggiornata, 2011).
Si occupa principalmente di Fisiopatologia della Riproduzione e di Endocrinologia Ginecologica.